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农村房子产权证一般由当地的不动产登记机构办理相关手续，通常是县级人民政府不动产登记中心。
在我国，不动产登记遵循属地管理原则。对于农村房子产权证办理，承担主要职责的是县级人民政府确定的负责不动产登记的机构，多数情况下是县级不动产登记中心。
从历史发展来看，过去农村房屋产权管理涉及多个部门。比如，土地管理相关工作由国土资源部门负责，房屋建设规划等可能由建设部门管理。随着不动产统一登记制度的推行，为了提高行政效率、方便群众办事，将原本分散在多个部门的不动产登记职责整合到一个机构，即不动产登记机构。
县级不动产登记中心整合了土地、房屋等不动产的登记职能。在办理农村房子产权证时，它全面负责接收申请材料、审核、实地查看、记载于不动产登记簿以及核发证书等一系列工作流程。
具体来说，村民要办理农村房子产权证，首先需要准备好相关材料，如宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明、申请登记房屋符合城乡规划的证明、房屋测绘报告或者村民住房平面图等。然后向当地的不动产登记中心提出申请。登记中心会对提交的材料进行严格审核，查看是否符合登记条件。如果材料齐全、符合要求，还可能会到实地进行查看，核实房屋的实际情况。经过审核无误后，会将房屋的相关信息记载于不动产登记簿，并向申请人核发不动产权证书。
县级人民政府的不动产登记中心是办理农村房子产权证的主要部门，它在保障农村房屋产权合法、规范管理方面发挥着重要作用。
法律依据：
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第四条
国家根据社会、经济发展水平，扶持发展居民住宅建设，逐步改善居民的居住条件。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第七条
国务院建设行政主管部门、土地管理部门依照国务院规定的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。县级以上地方人民政府房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市人民政府确定。
