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房产证纠纷问题可根据具体情况找不同部门处理，常见的有房地产管理部门、人民法院、仲裁机构等。
房地产管理部门是处理房产证纠纷的重要部门之一。在一些情况下，房产证办理过程中出现的问题，比如开发商未按规定协助业主办理房产证、提交的资料存在错误等，可以向当地的房地产管理部门反映。房地产管理部门有监管房地产市场和指导房屋登记等职责，对于因行政程序、政策法规执行等方面引发的房产证纠纷，其能够依据相关规定进行调查和处理。例如，如果是因为开发商未缴纳相关税费导致业主无法办理房产证，房地产管理部门可以督促开发商履行义务。
人民法院是解决房产证纠纷的有力途径。当纠纷涉及到复杂的法律关系，如房屋产权归属争议、合同违约等问题时，当事人可以通过向人民法院提起诉讼来解决。法院会依据事实和法律进行公正的审理和判决。比如，在房屋买卖过程中，卖方隐瞒房屋存在抵押等限制交易的情况，导致买方无法办理房产证，买方就可以向法院起诉要求解除合同、赔偿损失等。法院的判决具有强制执行力，能够切实保障当事人的合法权益。
如果当事人在合同中约定了仲裁条款，那么可以将房产证纠纷提交给仲裁机构处理。仲裁具有自愿性、专业性、保密性等特点。仲裁机构会根据双方当事人的约定和相关法律规定进行裁决。与诉讼相比，仲裁的程序相对灵活，裁决速度可能更快。例如，在一些商业房产交易中，双方约定通过仲裁解决纠纷，一旦出现房产证办理方面的争议，就可以按照仲裁程序进行处理。
在一些涉及历史遗留问题、政策调整等特殊情况下，还可以向当地政府的相关部门反映情况，寻求协调解决。不同类型的房产证纠纷需要找到合适的部门来处理，以确保问题能够得到妥善解决。
法律依据：
《仲裁法》 第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《民事诉讼法》 第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《民法典》 第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
