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全资子公司董事会和股东会在性质、职权、组成人员等方面存在区别。股东会是公司的权力机构，董事会是执行机构；股东会主要对重大事项决策，董事会负责执行股东会决议及日常经营管理；股东会由股东组成，董事会由董事组成。
从性质上看，股东会是公司的权力机构，它代表着公司股东的意志，是公司的最高决策层。而董事会是公司的执行机构，负责执行股东会所做出的各项决议，对股东会负责。可以说股东会是决策的源头，董事会是将决策付诸实践的主体。
在职权方面，股东会拥有广泛且重大的决策权。例如，决定公司的经营方针和投资计划；选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项；审议批准董事会的报告；审议批准监事会或者监事的报告；审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案；对公司增加或者减少注册资本作出决议；对发行公司债券作出决议；对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议；修改公司章程等。这些职权都是关于公司发展方向、重大人事安排以及重大财务事项等根本性的决策。
董事会的职权则侧重于公司的日常经营管理和具体事务的执行。包括召集股东会会议，并向股东会报告工作；执行股东会的决议；决定公司的经营计划和投资方案；制订公司的年度财务预算方案、决算方案；制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案；制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券的方案；制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案；决定公司内部管理机构的设置；决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项；制定公司的基本管理制度等。
组成人员也不同。股东会由公司的股东组成，在全资子公司中，通常只有一个股东，这个股东可以是自然人，也可以是法人。董事会由董事组成，董事的产生方式一般由股东委派或者选举产生。董事的人数根据公司章程的规定而定，通常有一定的人数限制和要求。
召开会议的频率和程序也有差异。股东会一般不会频繁召开，通常是在有重大事项需要决策时才会召集。而董事会为了及时处理公司的日常经营事务，召开的频率相对较高。并且，股东会和董事会在会议的召集、通知、表决等程序上也都有各自不同的规定。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第四十六条
董事会对股东会负责，行使下列职权：
（一）召集股东会会议，并向股东会报告工作；
（二）执行股东会的决议；
（三）决定公司的经营计划和投资方案；
（四）制订公司的年度财务预算方案、决算方案；
（五）制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案；
（六）制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券的方案；
（七）制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案；
（八）决定公司内部管理机构的设置；
（九）决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项；
（十）制定公司的基本管理制度；
（十一）公司章程规定的其他职权。
