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荒山承包合同丢失后，可通过与对方协商复印留存合同文本、到相关部门查询备案合同、收集其他相关证据等方式来处理，以保障自身合法权益。
当发现荒山承包合同丢失后，要保持冷静，第一时间与合同的相对方进行沟通。因为荒山承包合同通常是双方各执一份的，所以可以尝试与对方协商，请求复印对方留存的那份合同，并在复印件上注明与原件一致，由双方签字或盖章确认。这样，这份经过确认的复印件就具有与原件相似的法律效力，能在一定程度上证明双方的权利义务关系。
如果荒山承包合同是经过政府相关部门备案的，比如当地的农业农村部门、林业部门等，可以前往这些部门查询备案的合同。在查询时，需要携带能够证明自身身份以及与该荒山承包事宜相关的有效证件，如身份证、承包荒山的相关证明材料等。相关部门一般会根据规定提供备案合同的查询和复印服务，获取的备案合同复印件同样具有重要的证明作用。
若无法通过上述两种方式获取合同，那么就需要收集其他能够证明承包关系存在的相关证据。例如，荒山开发经营过程中的费用支出凭证，像购买树苗、肥料的发票，雇佣工人的工资发放记录等；还有与荒山相关的通讯记录、会议纪要、证人证言等。这些证据可以从不同方面形成一个证据链，证明自己与荒山之间存在承包关系以及双方的一些约定内容。
如果在处理合同丢失问题过程中与对方产生了纠纷，且无法自行协商解决，可以考虑寻求法律途径。咨询专业律师，律师会根据具体情况提供专业的法律建议和解决方案，通过诉讼等方式维护自身的合法权益。荒山承包合同丢失后不要慌张，要积极采取措施来解决问题。
法律依据：
《民法典》 第三百三十条
农村集体经济组织实行家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制。农民集体所有和国家所有由农民集体使用的耕地、林地、草地以及其他用于农业的土地，依法实行土地承包经营制度。
第三百三十一条
土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。
第三百三十三条
土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
