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总公司注销分公司账户，需要先完成分公司税务注销等相关手续，然后准备好注销所需的材料，向开户银行提出注销申请，按银行流程完成账户注销操作。
分公司注销账户前要完成一系列前置工作。分公司需要进行税务清算和注销。要确保分公司结清所有税款、滞纳金和罚款，完成税务注销登记。这是因为税务问题未解决，会影响账户注销的顺利进行。同时，分公司还需完成工商注销备案，向工商行政管理部门提交注销申请，按照规定进行清算公告等程序。
准备注销账户所需的材料。一般包括分公司营业执照正副本原件及复印件、税务注销证明、法定代表人身份证原件及复印件、经办人身份证原件及复印件、法定代表人授权书、银行开户许可证、印鉴卡以及剩余的空白支票、电汇凭证等重要空白凭证。不同银行可能会有额外的要求，所以在准备材料前，最好先联系开户银行确认具体清单。
正式向开户银行提出注销申请。总公司可安排授权的经办人携带上述准备好的材料前往分公司的开户银行。在银行填写账户注销申请表，表格内容通常包括账户信息、注销原因等。银行会对提交的材料进行审核，检查材料的完整性和真实性。
进行账户资金的处理。在注销账户前，分公司账户内的资金需要进行清理。可以将账户内的余额通过转账等方式转到总公司指定的账户。如果账户存在未结清的业务，如未到期的理财产品等，需要先按照银行规定进行处理。
完成账户注销手续。银行审核通过且资金清理完毕后，会办理账户注销手续，收回开户许可证、印鉴卡等相关资料，并在系统中注销该账户。总公司应妥善保管好银行提供的注销证明等文件，以备后续可能的查询和审计。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》 第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
