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农民工工资保证金一般是由施工总承包单位向人社部门指定的银行账户缴纳。
农民工工资保证金制度是为了确保农民工工资的按时足额支付，预防和解决拖欠农民工工资问题而设立的一项重要保障措施。根据相关规定，通常是由施工总承包单位来承担缴纳工资保证金的责任。这是因为施工总承包单位在工程项目中处于核心地位，对整个工程的施工组织和管理负有主要责任，也对农民工工资支付有着直接的关联和义务。
施工总承包单位需要将工资保证金交到人社部门指定的银行账户。人社部门在整个过程中起到监督和管理的作用，通过指定专门的银行账户，能够规范工资保证金的存储和使用，保障资金的安全和专款专用。
当出现建设单位或施工总承包单位拖欠农民工工资的情况时，经人社部门依法作出责令限期清偿或先行清偿的行政处理决定，而相关单位逾期不支付的，就可以动用工资保证金支付农民工被拖欠的工资。
同时，为了减轻企业负担，在一些情况下，如果施工总承包单位能够提供金融机构保函或工程担保公司保函，也可以以保函的方式替代现金形式的工资保证金。这样既保证了农民工工资支付的保障机制，又在一定程度上缓解了企业的资金压力。此外，对于连续2年未发生工资拖欠的企业，还可以降低存储比例；而对于发生工资拖欠的企业，则会适当提高存储比例。总之，农民工工资保证金制度在保障农民工合法权益、维护社会稳定等方面发挥着重要作用，其缴纳主体和缴纳去向有着明确的规定和严格的管理。
法律依据：
《保障农民工工资支付条例》 第三十二条
施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。
工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。
工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。
