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退房超时间违约金的计算方式通常依据合同约定，若合同有明确规定，按照合同约定的方法计算；若合同未约定，则根据违约造成的实际损失来确定，通常由当事人协商或通过法律途径确定赔偿金额。
按合同约定计算。在大多数的房屋租赁或买卖等涉及退房的合同中，双方会在合同条款里对退房超时间的违约金计算方式进行明确约定。比如，在房屋租赁合同中可能会约定，每超过规定退房时间一天，需按照日租金的一定比例（如50%）支付违约金。如果日租金是200元，约定的比例是50%，那么每超一天就要支付100元违约金。又或者在房屋买卖合同里，可能规定若买方超过规定时间退房，需按照房屋总价款的一定百分比（如5%）支付违约金。假设房屋总价是100万元，那么违约金就是5万元。
按实际损失计算。当合同中没有对退房超时间违约金作出约定时，就需要根据违约行为给对方造成的实际损失来计算违约金。以房屋租赁为例，如果租客退房超时间，导致房东无法及时将房屋再次出租，那么这段时间的租金损失就是房东的实际损失，租客可能需要按照实际空置天数对应的租金来赔偿房东。在房屋买卖中，如果买方超时间退房，使得卖方错过最佳销售时机，房屋价格下跌，那么价格下跌的差价部分可能就会被认定为卖方的实际损失，买方需要进行相应赔偿。
当双方对违约金的计算和数额存在争议时，可以先尝试协商解决。若协商不成，任何一方都有权通过法律途径，向人民法院提起诉讼或依据合同约定申请仲裁，由法院或仲裁机构根据具体情况来判定合理的违约金数额。
法律依据：
《民法典》 第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
