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小产权房合同丢失后，可通过联系合同相对方复印备份合同、查找交易相关证据、向村委或相关部门查询备案信息等方法解决，若有必要还可进行合同的重新签订。
小产权房通常是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用。当小产权房合同丢失时，可采取以下措施。
如果是与卖方签订的合同丢失，可尝试联系卖方。一般情况下，合同是一式多份的，卖方可能持有备份合同。与卖方友好协商，请求其提供合同的复印件，并在复印件上注明与原件一致，由双方签字确认，这样复印件便具有了一定的证明效力。
查找交易过程中的其他相关证据。比如，在房屋交易过程中，可能会有转账记录、聊天记录、短信记录等。转账记录可以证明购房款项的支付情况，聊天记录和短信记录中若涉及房屋交易的具体内容，如房屋位置、价格、付款方式等，也能作为交易存在的证据。这些证据可以辅助证明双方之间存在小产权房交易的事实。
由于小产权房的交易可能会在当地村委或相关部门有一定的备案信息。可以前往房屋所在地的村委、社区或相关管理部门进行查询。他们可能保存有关于该房屋交易的一些资料，通过查询这些备案信息，也能获取到合同的部分内容或交易的相关情况。
最后，如果以上方法都行不通，且认为有必要重新明确双方的权利义务，在与对方协商一致的情况下，可以重新签订小产权房合同。在重新签订合同时，要确保合同内容准确无误，详细约定房屋的基本情况、价格、付款方式、交付时间等重要条款，以保障双方的合法权益。不过需要注意的是，小产权房交易存在一定的法律风险，其权益可能无法像商品房那样得到充分保障。
法律依据：
《城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
《民法典》 第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十四条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，依照法律规定应当登记的，自记载于不动产登记簿时发生效力。
