分居两年办理离婚手续有协议离婚和诉讼离婚两种方式。协议离婚需夫妻双方就离婚相关事宜达成一致,共同到婚姻登记机关申请离婚登记;诉讼离婚则是一方向法院提起离婚诉讼,由法院审理判决。
首先是协议离婚的方式。根据《中华人民共和国民法典》相关规定,夫妻双方自愿离婚的,应当签订书面离婚协议,协议中要对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致。然后,夫妻双方需共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关提出申请,并提交相关证件和证明材料,如本人的户口簿、身份证、结婚证以及离婚协议书等。婚姻登记机关会对当事人提交的材料进行审查。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日内,任何一方反悔不愿意离婚的,可以持相关证件和材料,向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请,并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后,发给《撤回离婚登记确认单》,并将离婚登记申请书及相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内,双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的,视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后,双方都未撤回申请的,需再次共同到婚姻登记机关申请发给离婚证,经审查符合条件的,予以登记,发给离婚证。
其次是诉讼离婚方式。若夫妻一方要求离婚,可直接向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。虽然分居两年是法院在审理离婚案件时判断夫妻感情是否破裂的一个参考因素,但并不是分居两年就一定会判决离婚。在诉讼过程中,原告需要向法院提交起诉状,写明诉讼请求、事实和理由等内容,同时要提供能证明夫妻分居两年以及其他与案件相关的证据,如分居协议、租房合同、证人证言等。法院在受理案件后,会先进行调解,若调解无效,且法院认定夫妻感情确已破裂,会判决准予离婚。

法律依据:
《婚姻登记条例》 第十条
内地居民自愿离婚的,男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。
第十一条
办理离婚登记的内地居民应当出具下列证件和证明材料:
(一)本人的户口簿、身份证;
(二)本人的结婚证;
(三)双方当事人共同签署的离婚协议书。