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协议离婚后房产证除名流程一般包括准备材料、办理析产公证（可选择）、办理转绘、办理免征契税申请、办理房产过户登记手续、领取新房产证等步骤。
在协议离婚的情况下，要完成房产证除名，需要做好充分的准备工作。所需准备的材料有：身份证及复印件、离婚协议书（需注明房产归属）、离婚证以及房产证。离婚协议书是非常重要的文件，它明确了双方对于房产的分配约定，具有法律效力。
接下来是办理析产公证这一步骤，不过这并非是必经程序。如果离婚协议书经过了公证，那么就可以不用再办理析产公证；但如果没有经过公证，为了确保后续流程的顺利进行，建议办理析产公证。办理析产公证时，要前往当地的公证处，按照公证处的要求提供相关材料并完成公证手续。
完成析产公证后，要到房产交易中心办理转绘。转绘是将原房产证上的相关信息进行转换和更新，使其符合除名后的产权情况。在办理转绘时，需提交前面准备好的各项材料，工作人员会对材料进行审核，审核通过后完成转绘操作。
之后要办理免征契税申请。根据相关政策，在离婚房产过户中，符合一定条件是可以免征契税的。前往当地的税务部门，提交申请材料，经过审核后，若符合条件，即可获得免征契税的证明。
然后办理房产过户登记手续。将前面准备的材料以及析产公证书、转绘证明、免征契税证明等一并提交到房产交易中心，填写相关的申请表，缴纳可能存在的登记费等费用。工作人员会对提交的所有材料进行再次审核，审核无误后，会受理过户申请。
最后，在经过一定的办理时间后，就可以领取新的房产证了。新的房产证上将不再有被除名一方的名字，至此，协议离婚后房产证除名流程全部完成。整个流程需要按照规定的步骤和要求进行，确保每一个环节都准确无误，以顺利完成房产证的除名。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第二百一十一条
当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
