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刑事案件自诉和公诉主要在启动主体、犯罪性质和危害程度、举证责任、刑罚轻重等方面存在区别。
启动主体不同是二者的显著差异。公诉是由人民检察院代表国家向人民法院提起诉讼，人民检察院是国家法律监督机关，承担着追诉犯罪的重要职责。而自诉则是由被害人或其法定代理人、近亲属直接向人民法院提起诉讼，强调被害人个人在诉讼中的主动性。
犯罪性质和危害程度有别。公诉案件一般是性质比较严重，对社会公共安全和秩序造成较大危害的犯罪行为，比如故意杀人、抢劫、强奸等犯罪。这些犯罪行为侵犯的不仅是被害人的个人权益，更破坏了社会的正常秩序和法律尊严。自诉案件通常是犯罪情节相对轻微，对社会公共利益的损害较小，主要侵犯的是公民个人的权益，像侮辱、诽谤案（严重危害社会秩序和国家利益的除外）、暴力干涉婚姻自由案等。
举证责任不同。在公诉案件中，人民检察院作为公诉机关，承担着举证责任，需要收集、固定和出示证据，证明被告人有罪。检察机关拥有专业的侦查和公诉队伍，具备强大的调查取证能力。而在自诉案件中，被害人需要自行承担举证责任，要收集能够证明被告人犯罪事实的证据。这对于被害人来说可能存在一定难度，因为其调查取证的能力和资源相对有限。
刑罚轻重不同。公诉案件的被告人一旦被认定有罪，往往会面临较为严厉的刑罚，因为这类犯罪的社会危害性较大。而自诉案件由于犯罪情节相对较轻，被告人可能被判处的刑罚也相对较轻。此外，审理程序上也有差异。公诉案件的程序相对复杂和严格，要经过立案、侦查、审查起诉、审判等多个阶段。自诉案件的程序则相对简便、灵活，有些情况下可以适用简易程序进行审理。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百六十九条
凡需要提起公诉的案件，一律由人民检察院审查决定。
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百一十条
自诉案件包括下列案件：
（一）告诉才处理的案件；
（二）被害人有证据证明的轻微刑事案件；
（三）被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
