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标准工时制和综合工时制在工作时间计算、适用范围、加班认定及工资支付等方面存在区别。
工作时间计算方面，标准工时制是我国普遍实行的一种工时制度，劳动者每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时。例如，大多数企业员工周一至周五每天工作8小时，这就是典型的标准工时制。而综合工时制是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。比如，某企业实行以季度为周期的综合工时制，一个季度内总工作时间不超过法定标准工作时间即可。
适用范围方面，标准工时制适用于大多数行业和企业的普通岗位。无论是制造业的流水线工人，还是服务业的前台、客服等岗位，只要工作性质相对稳定、规律性强，都可采用标准工时制。综合工时制主要适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业或部分岗位。像交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
加班认定及工资支付方面，在标准工时制下，劳动者在正常工作日超过8小时工作，或在休息日、法定节假日工作，都属于加班。其中，工作日加班支付不低于工资150%的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资200%的工资报酬；法定节假日加班支付不低于工资300%的工资报酬。而综合工时制下，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按不低于工资150%的标准支付工资报酬。在法定节假日工作的，支付不低于工资300%的工资报酬。
法律依据：
《劳动法》 第三十六条
国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
第三十八条
用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。
第三十九条
企业应生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
第四十一条
用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
