房屋所有权证和不动产权证主要在证件内容、证件性质、办理费用、版本等方面存在区别。
证件内容方面,房屋所有权证主要记载房屋的基本信息,包括房屋所有权人、房屋坐落、房屋性质、房屋状况(如建筑面积、层数等)以及土地状况等,但相对简略。而不动产权证的内容更为详细和全面,除了包含房屋所有权证的相关信息外,还增加了不动产单元号、使用期限等内容。不动产单元号具有唯一代码,相当于证书记录的不动产在全国范围内唯一的“身份证号”,通过它可以锁定该不动产信息。
证件性质方面,房屋所有权证是对房屋所有权的确认证书,仅针对房屋这一不动产类型。而不动产权证是房产证和土地证“两证合一”的产物,它整合了房产证和土地证的功能,将房屋所有权和土地使用权统一登记在一个证书上,涵盖了多种不动产类型,如房屋、土地、林地等。
办理费用方面,办理房屋所有权证时,需要按照土地面积、房产面积分别进行两次测绘、缴纳两次测绘费用,缴纳两次制证成本费。而不动产权证的办理只需一次测绘、一次制证成本费,减少了办证环节和费用。
版本方面,房屋所有权证有多个版本,不同时期颁发的证书在格式和内容上可能会有所差异。不动产权证则有单一版和集成版两个版本。单一版证书记载一个不动产单元上的不动产权利;集成版证书记载同一权利人在同一登记辖区内享有的多个不动产单元上的不动产权利。在目前的实际应用中,以单一版证书更为常见。

法律依据:
《不动产登记暂行条例》 第四条
国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利,不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。
《中华人民共和国土地管理法》 第十二条
土地的所有权和使用权的登记,依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护,任何单位和个人不得侵犯。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。