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个人独资企业注销时有利润，应按照相关规定进行利润分配和税务处理。利润分配归投资人所有，对于利润需计算缴纳个人所得税，完成税务清缴等程序后才可正常注销。
需明确个人独资企业的性质，它是由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。当个人独资企业注销时存在利润，这些利润本质上归投资人个人所有。
在税务处理方面，个人独资企业不缴纳企业所得税，而是缴纳个人所得税。根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，个人独资企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。在注销时，要对企业经营期间的所得进行准确核算，确定应纳税所得额，计算并缴纳相应的个人所得税。
在完成税务缴纳后，要进行相应的财务处理。将企业账面上的利润通过合理的会计分录分配到投资人的个人账户。之后，要准备好相关的财务报表和税务资料，如资产负债表、利润表、纳税申报表等，提交给税务机关进行税务清算。税务机关会对企业的税务情况进行审核，查看是否存在欠税、漏税等问题。
只有在完成税务清算，取得税务机关出具的清税证明后，企业才可以进行后续的工商注销等程序。在工商注销环节，需提交一系列文件，包括注销登记申请书、清税证明等，经工商部门审核通过后，企业才算完成正式注销。总之，个人独资企业注销时有利润，严格按照税务和工商的规定流程处理，确保合法合规完成注销。
法律依据：
《中华人民共和国个人独资企业法》 第三十二条
个人独资企业清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于十五日内到登记机关办理注销登记。
第二十七条
个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。
投资人自行清算的，应当在清算前十五日内书面通知债权人，无法通知的，应当予以公告。债权人应当在接到通知之日起三十日内，未接到通知的应当在公告之日起六十日内，向投资人申报其债权。
