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存疑不起诉案件中，公安机关需依法终止侦查，解除对被不起诉人的强制措施，处理涉案财物；同时可对检察院的不起诉决定申请复议、复核，若后续发现新证据，还可重新启动侦查程序。
存疑不起诉是人民检察院根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第175条规定，对经过补充侦查后仍认为证据不足、不符合起诉条件的案件作出的不起诉决定。该决定生效后，公安机关需按照法定程序开展后续处理工作，具体流程如下：
一、终止侦查程序。根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第290条，人民检察院作出不起诉决定后，公安机关应当终止对案件的侦查。终止侦查意味着案件在公安机关层面的刑事诉讼程序正式结束，除非出现新的证据或法定事由，否则不得再以同一事实对被不起诉人开展侦查活动。
二、解除对被不起诉人的强制措施。若被不起诉人在案件侦查阶段被采取强制措施（如刑事拘留、逮捕、取保候审、监视居住等），公安机关需依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第178条立即处理：对被羁押的，应当立即释放；对采取取保候审、监视居住措施的，应当解除相关强制措施。这一规定体现了对公民人身自由权的保障，避免因证据不足导致不当限制人身自由。
三、涉案财物的处理。公安机关需对案件中的涉案财物进行分类处置。根据《公安机关涉案财物管理若干规定》第24条，对经查明确实与案件无关的合法财物，应当在3日内解除查封、扣押、冻结，退还当事人；对可能属于违法所得或用于犯罪的涉案财物，若检察院未作出处理决定，公安机关可根据案件具体情况，依法予以没收、追缴或随案移送其他主管机关处理。处理过程需制作《涉案财物处理清单》，并书面通知当事人。
四、申请复议、复核的权利。公安机关认为人民检察院的存疑不起诉决定存在错误时，可依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第179条，在收到不起诉决定书后7日以内，向作出不起诉决定的人民检察院提出复议申请；对复议决定仍不服的，可在收到复议决定书后7日以内，向上一级人民检察院提请复核。复议、复核期间，不停止原不起诉决定的执行，但公安机关需将复议、复核申请书面告知被不起诉人。
五、补充侦查与重新移送起诉的可能。存疑不起诉并非案件的最终处理结果。根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第187条，若公安机关在后续工作中发现新的证据，且该证据足以证明被不起诉人存在犯罪事实、符合起诉条件，可重新启动侦查程序，收集固定证据后，再次将案件移送人民检察院审查起诉。重新移送起诉时，需附卷说明案件前期处理情况及新证据的来源、证明力等。
综上，公安机关对存疑不起诉案件的处理，需严格遵循“以事实为依据、以法律为准绳”的原则，既保障刑事诉讼程序的正当性，又维护当事人的合法权益，同时保留通过法律途径纠正错误决定、打击犯罪的可能性。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十八条
不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十九条
对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。
