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违反保密协议的损失赔偿计算方式有多种，可按照实际损失计算，若无实际损失或难以计算，可按违约方因违约所获得的利益确定，还可依据保密协议约定的违约金进行赔偿，若约定违约金过高或过低可请求调整。
在商业活动和各类合作中，保密协议起着保护商业秘密和敏感信息的重要作用。当一方违反保密协议时，损失赔偿的计算是一个关键问题。
按照实际损失计算赔偿。实际损失是指因违约方违反保密协议，给守约方造成的直接经济损失和间接经济损失。直接经济损失包括因商业秘密泄露导致的客户流失、订单减少、销售额下降等。例如，一家科技公司将其核心技术的保密信息泄露给竞争对手，导致原有的合作客户转而与竞争对手合作，该科技公司因此失去了这些客户的订单，订单金额就是直接经济损失的一部分。间接经济损失则可能包括为了应对泄密事件而支出的调查费用、采取补救措施的费用等。
若实际损失难以计算，则可以考虑按照违约方因违约所获得的利益来确定赔偿数额。违约方通过泄露保密信息可能获得了额外的收益，比如利用该信息开发出新产品并销售获利。以一家餐饮企业为例，其厨师违反保密协议将独特的配方透露给其他餐厅，其他餐厅使用该配方后销售额大幅增长，那么增长部分的利润就可以作为违约方获得的利益，以此来确定赔偿数额。
很多保密协议中会约定违约金。如果协议中有明确的违约金条款，在违约情况发生时，守约方可以按照约定要求违约方支付违约金。不过，若约定的违约金过分高于或低于造成的损失，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少或增加。这是为了保证违约金的数额合理，既能够对违约方起到惩戒作用，又不会让违约方承担不合理的过高赔偿。
在计算违反保密协议的损失赔偿时，需要综合考虑各种因素，根据具体情况选择合适的计算方式，以确保守约方的合法权益得到充分保护。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千二百零九条
因租赁、借用等情形机动车所有人、管理人与使用人不是同一人时，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由机动车使用人承担赔偿责任；机动车所有人、管理人对损害的发生有过错的，承担相应的赔偿责任。
