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公司股权转让税费处理流程一般包括确定应税情况、计算税费金额、准备纳税申报资料、进行纳税申报、缴纳税费、留存相关凭证等步骤。
要确定应税情况。公司股权转让可能涉及的税种有印花税、个人所得税（转让方为个人时）、企业所得税（转让方为企业时）。对于印花税，只要签订了股权转让合同，交易双方都需要缴纳，税率通常为合同金额的万分之五。当转让方是个人时，如果转让收入高于股权原值及合理费用，需就其增值部分缴纳20%的个人所得税；若转让方是企业，股权转让所得应并入企业的应纳税所得额，缴纳企业所得税，一般税率为25%。
计算税费金额。对于印花税，直接用股权转让合同金额乘以万分之五即可得出应纳税额。个人所得税的计算方式为（股权转让收入 - 股权原值 - 合理费用）×20%。合理费用包括印花税、资产评估费、中介服务费等。企业所得税则要按照企业所得税的相关规定，将股权转让所得纳入企业整体的应纳税所得额进行计算。
然后准备纳税申报资料。通常需要准备股权转让合同、股东身份证明、企业营业执照副本、财务报表等。这些资料是税务机关审核纳税情况的重要依据。
之后进行纳税申报。可以选择到当地税务机关的办税服务厅现场申报，也可以通过电子税务局进行网上申报。在申报时，要如实填写纳税申报表，准确反映股权转让的相关信息和计算得出的应纳税额。
缴纳税费。申报通过审核后，按照税务机关规定的方式和期限缴纳税费。可以通过银行转账、网上支付等方式完成缴费。
要留存相关凭证。缴纳税费后，务必妥善保存完税凭证、纳税申报表等相关资料，以备税务机关日后检查。这些凭证是证明纳税义务已履行的重要依据。公司股权转让税费处理需要严格按照规定流程进行，确保纳税合规。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第三条
民事主体的人身权利、财产权利以及其他合法权益受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。
《中华人民共和国民法典》 第四条
民事主体在民事活动中的法律地位一律平等。
《中华人民共和国民法典》 第五条
民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。
