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房屋贷款抵押在银行的通常是《房屋他项权证》，不过在一些地区实行不动产统一登记后，抵押的是《不动产登记证明》，也有少数情况会抵押《房屋所有权证》和《国有土地使用证》。
在传统的房屋抵押流程中，《房屋他项权证》是较为常见的抵押凭证。当购房者向银行申请房屋贷款时，银行会要求对房屋进行抵押登记。完成抵押登记手续后，房地产管理部门会核发《房屋他项权证》给银行。这个证书是房屋产权登记机关颁发给抵押权人或者典权人等他项权利人的法定凭证，它证明了银行对该房屋拥有抵押权。
随着不动产统一登记制度的推行，越来越多的地区采用了新的登记方式。在这些地区，抵押登记后不再发放《房屋他项权证》，而是颁发《不动产登记证明》。《不动产登记证明》是不动产登记机构对不动产抵押等事项进行登记后所出具的证明文件，它同样具有证明银行对房屋享有抵押权的法律效力。
在部分地方，尤其是在不动产统一登记制度实施之前办理的房屋贷款，可能会出现将《房屋所有权证》和《国有土地使用证》抵押给银行的情况。但这种情况现在已经越来越少，因为这种抵押方式存在一定的弊端，例如证书管理不便等。
需要注意的是，不同地区的具体操作可能会有所差异。有些银行在借款人还清贷款后，会将抵押的证书归还给借款人，并协助借款人办理抵押注销手续。而借款人在还清贷款后，应及时与银行沟通，确保顺利拿回相关证书并完成注销登记，以保障自己对房屋的完整产权。
法律依据：
《城市房地产抵押管理办法》 第三十四条
以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。
以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。
