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危害公共安全罪是一个概括性的罪名，这类犯罪侵犯的客体是公共安全，客观表现为实施了各种危害公共安全的行为；妨害传染病防治罪是违反传染病防治法规定，引起甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播严重危险的行为。二者在犯罪客体、客观方面、主观方面等存在区别。
一、犯罪客体不同。危害公共安全罪侵犯的客体是社会的公共安全，即不特定多数人的生命、健康和重大公私财产安全。这里的不特定是指犯罪行为可能侵害的对象和可能造成的危害结果事先无法确定，行为人对此既无法预料也难以控制。而妨害传染病防治罪侵犯的客体是国家关于传染病防治的管理制度以及公众的健康安全。它主要侧重于对传染病防治秩序的破坏。
二、客观方面不同。危害公共安全罪的行为方式多种多样，包括放火、决水、爆炸、投放危险物质等，这些行为往往具有直接的暴力性和即时性，能够迅速对公共安全造成严重威胁或损害。例如，在人员密集的商场故意纵火，会立刻危及众多人的生命和财产安全。妨害传染病防治罪的客观方面表现为违反传染病防治法的规定，实施了引起甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播严重危险的行为。如拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施等。
三、主观方面不同。危害公共安全罪中，部分犯罪是故意犯罪，如放火罪、爆炸罪等，行为人明知自己的行为会发生危害公共安全的结果，并且希望或者放任这种结果的发生。而妨害传染病防治罪在主观方面一般是过失，即行为人应当预见自己违反传染病防治法规定的行为可能引起传染病传播或者有传播严重危险，因为疏忽大意而没有预见，或者已经预见而轻信能够避免。
四、刑罚不同。危害公共安全罪根据不同的具体罪名，刑罚差异较大，从拘役、有期徒刑到无期徒刑、死刑都有适用的可能。例如，放火、决水、爆炸以及投放毒害性、放射性、传染病病原体等物质或者以其他危险方法致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。妨害传染病防治罪，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》 第三百三十条
违反传染病防治法的规定，有下列情形之一，引起甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑：
（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；
（二）拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、场所和物品进行消毒处理的；
（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；
（四）出售、运输疫区中被传染病病原体污染或者可能被传染病病原体污染的物品，未进行消毒处理的。
