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刑事案件主谋通常会按照其所参与的或者组织、指挥的全部犯罪进行处罚。主谋作为在犯罪集团或者聚众犯罪中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子，其量刑会综合考虑犯罪的性质、情节、危害后果等多方面因素，相较于从犯，往往会受到更严厉的刑罚。
在我国刑法中，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。而主谋一般属于主犯的范畴，主犯包括两类：一是组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的犯罪分子，即犯罪集团中的首要分子；二是在共同犯罪中起主要作用的犯罪分子。
对于犯罪集团的首要分子，按照集团所犯的全部罪行处罚。这意味着首要分子不仅要对自己直接实施的具体犯罪及其结果承担刑事责任，还要对集团其他成员按照该集团犯罪计划所犯的全部罪行承担刑事责任。例如，在一个盗窃犯罪集团中，首要分子组织、策划了多次盗窃行动，即使他可能没有亲自参与每一次盗窃，也需要对整个集团的所有盗窃行为负责。
对于在共同犯罪中起主要作用的犯罪分子，应按其参与的全部犯罪处罚。这里的主要作用可能体现在犯罪的实施过程中起到关键作用，如直接实施犯罪行为且行为对犯罪结果的发生起了决定性作用等。
在具体量刑时，会根据犯罪的具体罪名和相关法律规定来确定刑罚。不同的犯罪有不同的量刑幅度，比如抢劫罪，根据《刑法》规定，一般处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；但如果有入户抢劫、抢劫致人重伤、死亡等情形的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处罚金或者没收财产。主谋如果涉及抢劫罪且存在加重情节，那么就会在较重的量刑幅度内进行处罚。
司法机关在量刑时还会考虑主谋是否有自首、立功、坦白等从轻或者减轻处罚的情节，以及是否有累犯等从重处罚的情节。刑事案件主谋的判刑是一个综合考量多种因素的过程。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》 第二十五条
共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。
二人以上共同过失犯罪，不以共同犯罪论处；应当负刑事责任的，按照他们所犯的罪分别处罚。
《中华人民共和国刑法》 第二十六条
组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的或者在共同犯罪中起主要作用的，是主犯。
三人以上为共同实施犯罪而组成的较为固定的犯罪组织，是犯罪集团。
对组织、领导犯罪集团的首要分子，按照集团所犯的全部罪行处罚。
对于第三款规定以外的主犯，应当按照其所参与的或者组织、指挥的全部犯罪处罚。
《中华人民共和国刑法》 第二十七条
在共同犯罪中起次要或者辅助作用的，是从犯。
对于从犯，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。
