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劳动合同丢失后，补办手续需分情况进行。若用人单位持有备份合同，可与单位协商复印其保存的合同并加盖印章确认效力；若单位未留存备份，需与单位重新签订合同；若因劳动纠纷需证明劳动关系，还可通过收集其他证据来佐证。
劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，其丢失不一定会对劳动者权益造成实质性损害，因为通常用人单位也会保留一份。
当发现劳动合同丢失后，第一步应与用人单位沟通。多数情况下，用人单位会有合同备份。此时，劳动者可请求复印用人单位留存的那份合同。在复印完成后，要确保在复印件上加盖用人单位的公章。加盖公章后的复印件与原件具有同等的法律效力，这样在需要证明劳动关系等情况时，该复印件就能发挥作用。
也存在用人单位没有留存备份合同的情况。这种情况下，劳动者需要与用人单位重新协商签订新的劳动合同。在重新签订过程中，要注意合同条款应与原合同一致，包括工作内容、工作地点、劳动报酬、工作时间、休息休假等重要方面。若原合同的部分条款因客观情况发生了变化，双方应就这些变化进行协商并达成一致后再签订新合同。
若劳动者与用人单位之间发生劳动纠纷，而劳动合同又丢失了，即便无法及时补办合同，也可通过收集其他证据来证明劳动关系。比如工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；用人单位向劳动者发放的“工作证”“服务证”等能够证明身份的证件；劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录；考勤记录；其他劳动者的证言等。这些证据同样可以在劳动纠纷处理过程中起到关键作用，维护劳动者的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第十六条
劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
《中华人民共和国劳动法》 第十七条
订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。
劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
