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个体户和公司缴纳社保在参保形式、缴纳险种、缴费基数和比例、承担费用、法律责任等方面存在区别。
参保形式方面，个体户参保有两种形式。一种是以灵活就业人员身份参保，只能缴纳基本养老保险和基本医疗保险；另一种是注册个体工商户后，以单位形式为员工（包括店主自己）缴纳社保。而公司则是以单位形式为员工缴纳社保，这是其法定的义务。
缴纳险种方面，个体户以灵活就业人员身份参保时，仅能缴纳养老和医疗两个险种。但以单位形式参保时，和公司一样，需要缴纳五险，即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。公司必须为员工缴纳五险，保障员工在养老、医疗、失业、工伤和生育等方面的权益。
缴费基数和比例方面，个体户以灵活就业人员身份参保，缴费基数通常是根据当地上年度全口径城镇单位就业人员平均工资的一定比例来确定，有多个档次可供选择，缴费比例一般为养老保险20%左右，医疗保险8%左右。以单位形式参保时，缴费基数是根据员工的工资收入来确定。公司缴纳社保的缴费基数也是根据员工工资确定，缴费比例方面，养老保险单位缴纳比例一般在16%左右，医疗保险单位缴纳比例一般在8%-10%左右，失业保险、工伤保险和生育保险的单位缴纳比例相对较低。
承担费用方面，个体户以灵活就业人员身份参保，所有费用都由个人承担。以单位形式参保时，单位和员工共同承担费用。公司缴纳社保时，也是单位和员工共同承担费用，不过单位承担的比例相对较大。
法律责任方面，个体户如果未按规定为员工缴纳社保，可能面临劳动监察部门的责令改正和罚款等处罚。公司若未依法为员工缴纳社保，除了面临劳动监察部门的处罚外，员工还可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的权益，公司可能需要承担补缴社保、支付经济补偿等法律责任。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
