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分公司违法时对员工的处罚需根据员工在违法事件中的具体角色、主观过错程度以及违法的具体情节等因素来确定。处罚方式可能包括纪律处分、经济处罚，若涉及刑事犯罪还会面临刑事处罚。
分公司虽然不具有独立法人资格，但有独立的经营活动，在其违法的情况下，并非所有员工都会受到处罚。只有那些参与到违法活动中的员工才可能面临相应处理。
对于普通员工，如果只是在不知情的情况下执行上级命令参与了违法活动，通常会视情况减轻或免予处罚。因为他们主观上没有违法的故意，只是按照正常工作流程进行操作。例如，在一些财务造假案件中，基层会计人员只是按照上级要求进行账务处理，并不清楚这些操作是违法的，可能只会受到一些内部的教育和提醒。
而对于直接参与违法决策、组织或实施违法活动的员工，处罚相对会更严厉。在公司内部，可能会给予纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等。同时，还可能会有经济处罚，比如扣除奖金、罚款等。例如，分公司销售人员为了业绩，在未经授权的情况下擅自夸大产品功效进行虚假宣传，公司可以根据内部规定对其进行罚款，并给予警告处分。
如果员工的行为构成刑事犯罪，将面临刑事处罚。依据《中华人民共和国刑法》，相关责任人员会根据具体罪名和情节承担相应的刑事责任。比如分公司负责人为了谋取私利，组织员工进行非法集资活动，这些参与非法集资的员工可能会被以非法吸收公众存款罪等罪名追究刑事责任，可能会被判处有期徒刑、拘役，并处罚金。
分公司违法时对员工的处罚是一个综合考量的过程，要遵循法律规定和公司内部的规章制度，确保处罚的公正合理。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》 第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
