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农村房子协议丢失后，可根据协议类型、具体情况，通过查找备份、补办、登报声明等方式来解决后续办理问题。
首先要明确丢失的农村房子协议的类型，常见的有购房协议、建房协议、宅基地转让协议等，不同类型的协议处理方式会有所不同。
如果是购房协议丢失。若协议在房管部门有备案，可到当地的不动产登记中心或相关的房屋管理部门申请查询并复印备案的协议。一般来说，需要携带本人的有效身份证件，如身份证等，向工作人员说明情况，按照他们的要求填写查询申请表等相关文件。若购房协议是与卖方签订的双方协议，且没有备案，可以尝试与卖方协商，请求卖方提供他们留存的协议复印件，并在复印件上注明与原件一致，由双方签字确认。如果买卖过程中有中介参与，也可以联系中介机构，看他们是否有留存相关协议。
若是建房协议丢失。可以联系建房施工方，看施工方是否保存有协议。施工方通常为了保障自身权益和明确施工责任，会留存建房协议。拿到施工方的协议复印件后，同样要与施工方一起确认其与原件一致。若建房过程中有向村委会或相关基层管理部门报备，也可以到这些部门询问是否有留存相关协议资料。
对于宅基地转让协议丢失的情况。先到村委会咨询，看村里是否有存档记录。因为农村宅基地的相关事务通常会在村里有一定的记录和管理。若村里没有，还可以到当地的国土资源管理所查询。查询时要准备好能证明宅基地使用人身份的材料，如户口本等。
若经过多方查找都无法找到协议原件，且后续办理相关事务必须要有协议时，可以考虑登报声明原协议作废，然后与相关方重新签订协议。重新签订协议时，要确保协议内容与原协议一致，并且严格按照法律法规和相关规定进行签订，保障各方的合法权益。
法律依据：
《商品房销售管理办法》 第十六条
商品房销售时，房地产开发企业和买受人应当订立书面商品房买卖合同。
《不动产登记暂行条例》 第二十七条
权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。有关国家机关可以依照法律、行政法规的规定查询、复制与调查处理事项有关的不动产登记资料。
