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员工旷工工资结算通常是在正常工资计算基础上，扣除旷工期间的工资。若旷工造成单位经济损失，单位可按规定要求赔偿，赔偿可从工资中扣除，但有一定限制。
关于旷工期间工资的扣除。正常情况下，员工的工资是根据其出勤天数、工作绩效等因素来计算的。旷工意味着员工在该时间段内未提供正常劳动，所以旷工期间不应计发工资。一般计算公式为：日工资 = 月工资收入÷月计薪天数（通常为 21.75 天），旷工工资扣除额 = 日工资×旷工天数。例如，某员工月工资为 5000 元，那么其日工资约为 5000÷21.75 ≈ 229.89 元，如果该员工旷工 2 天，就应扣除约 229.89×2 = 459.78 元。
若员工旷工给用人单位造成了经济损失。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的 20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。比如，员工月工资 6000 元，因旷工给单位造成损失，单位要求赔偿 2000 元。按照规定，每月最多扣除 6000×20% = 1200 元，若分月扣除，直到扣完赔偿金额为止。
此外，用人单位在处理旷工工资结算时，应依据合法有效的规章制度。这些规章制度需经过民主程序制定，并且已向劳动者公示。只有这样，用人单位扣除旷工工资以及要求赔偿经济损失的行为才具有合法性和合理性。
在实际操作中，员工和用人单位都应了解相关法律法规，以避免不必要的劳动纠纷。如果双方在工资结算上存在争议，员工可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
法律依据：
《工资支付暂行规定》 第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
