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未满16岁因寻衅滋事罪被留下的案底不会消除，但会进行封存。
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
对于未满16岁因寻衅滋事罪留下案底的情况，只要最终被判处五年有期徒刑以下刑罚，就会适用上述犯罪记录封存制度。这意味着案底虽然客观存在不会消失，但一般情况下外界无法知晓该未成年人曾经的犯罪记录。这种制度体现了对未成年人的特殊保护，目的是让犯罪的未成年人能够更好地回归社会，避免因曾经的犯罪记录而在求学、就业、生活等方面受到过多不利影响，给予他们一个重新开始的机会。
不过需要注意的是，案底封存并非绝对。如果司法机关为了办案的需要，比如在侦查其他相关案件时，是可以进行查询的。还有一些单位根据国家规定，例如在特殊行业的入职审查等情况下，也可能会被允许查询。但这些单位在查询到相关信息后，有义务对该未成年人的犯罪记录情况严格保密。所以，未满16岁寻衅滋事罪的案底虽不会消除，但通过犯罪记录封存制度，能在很大程度上保护未成年人的权益和未来发展。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》 第十七条
已满十六周岁的人犯罪，应当负刑事责任。
已满十四周岁不满十六周岁的人，犯故意杀人、故意伤害致人重伤或者死亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质罪的，应当负刑事责任。
已满十二周岁不满十四周岁的人，犯故意杀人、故意伤害罪，致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾，情节恶劣，经最高人民检察院核准追诉的，应当负刑事责任。
对依照前三款规定追究刑事责任的不满十八周岁的人，应当从轻或者减轻处罚。
因不满十六周岁不予刑事处罚的，责令其父母或者其他监护人加以管教；在必要的时候，依法进行专门矫治教育。
