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农村房屋产权纠纷法院会依据相关法律法规，结合具体案件事实和证据来判决。通常会审查房屋建造情况、宅基地使用情况、当事人之间的约定等因素，以确定房屋产权归属。
在处理农村房屋产权纠纷时，法院有着明确的考量和判决依据。宅基地的使用情况是重要的判断因素之一。根据我国法律规定，农村宅基地归集体所有，村民享有使用权。如果房屋是在合法取得的宅基地上建造，且建房者符合申请宅基地的条件，那么在产权认定上会倾向于支持建房者。例如，村民甲按照规定程序申请到了一块宅基地，并在上面建造了房屋，之后因产权问题产生纠纷，法院在确认甲的宅基地申请和使用合法的情况下，大概率会认定房屋产权归甲所有。
房屋的建造情况也是关键。法院会审查房屋是谁出资建造的，建造过程中是否有相关的协议或约定。如果是家庭成员共同出资建造房屋，且没有明确的产权约定，法院可能会根据各方的出资比例、居住使用情况等因素来确定产权份额。比如，父子二人共同出资建造了农村房屋，在没有约定产权归属的情况下，法院会综合考虑双方的出资额度、对房屋的贡献等，合理划分产权。
当事人之间的约定也会被法院重视。如果在房屋建造前后，当事人之间就产权问题达成了书面或口头协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，法院会尊重当事人的约定。但口头协议在举证上相对困难，需要有其他证据予以佐证。
对于一些历史遗留问题导致的产权纠纷，法院会结合当时的政策和实际情况进行综合判断。例如，在农村房屋经历了多次改造、继承等情况后，产权可能变得复杂，法院会根据不同时期的政策和事实来理清产权关系。法院在判决农村房屋产权纠纷时，会全面、客观地审查各种因素，以确保判决结果公平、公正，符合法律规定和社会公序良俗。
法律依据：
《民事诉讼法》 第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
第一百四十五条
法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
《民法典》 第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
