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农药经营许可证一般在县级以上地方人民政府农业主管部门办理。
相关法规依据。依据《农药管理条例》规定，经营农药需依法取得农药经营许可证。县级以上地方人民政府农业主管部门负责本行政区域的农药经营许可及相关管理工作。这是从国家法规层面明确了办理部门，以保障农药经营市场的规范和安全。
具体办理流程与要求。不同地区的农业主管部门在执行办理工作时，会依据本地实际情况制定更细致的操作流程和要求。通常，申请农药经营许可证的单位或个人需要满足一定条件。比如，要有具备农药和病虫害防治专业知识，熟悉农药管理规定，能够指导安全合理使用农药的经营人员；有与其他商品以及饮用水水源、生活区域等有效隔离的营业场所和仓储场所，并配备与所申请经营农药相适应的防护设施；有与所申请经营农药相适应的质量管理、台账记录、安全防护、应急处置、仓储管理等制度。
提交申请材料。申请人需向当地县级以上农业主管部门提交一系列申请材料，常见的包括农药经营许可证申请表、法定代表人（负责人）身份证明复印件、经营人员的学历或者培训证明、营业场所和仓储场所地址、面积、平面图等说明材料及照片、计算机管理系统、可追溯电子信息码扫描设备、安全防护、仓储设施等清单及照片、有关管理制度目录及文本等。
审核与发证。农业主管部门在收到申请后，会对申请材料进行审核，并可能进行实地核查。经审核符合条件的，予以核发农药经营许可证；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。
法律依据：
《农药经营许可管理办法》 第八条
申请农药经营许可证的，应当向县级以上地方农业部门提交以下材料：
（一）农药经营许可证申请表；
（二）法定代表人（负责人）身份证明复印件；
（三）经营人员的学历或者培训证明；
（四）营业场所和仓储场所地址、面积、平面图等说明材料及照片；
（五）计算机管理系统、可追溯电子信息码扫描设备、安全防护、仓储设施等清单及照片；
（六）有关管理制度目录及文本；
（七）申请材料真实性、合法性声明；
（八）农业部规定的其他材料。
