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在股东不同意注销的情况下，若要注销公司可通过召开股东会，经代表三分之二以上表决权的股东通过作出注销决议；若无法通过股东会决议，可通过司法途径，以公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，且通过其他途径不能解决为由，向法院请求解散公司，之后依法进行清算注销。
依据《中华人民共和国公司法》规定，股东会会议作出公司解散的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。所以即便有股东不同意注销公司，只要赞成注销的股东所持表决权达到三分之二以上，就可以形成有效的股东会决议。
具体操作流程为，公司应召集股东会会议。在会议召集程序上，要严格按照公司章程的规定进行，提前通知各股东会议的时间、地点和议题。在会议召开过程中，要对讨论的事项和股东的表决情况进行详细记录，形成会议记录，并由出席会议的股东签名确认。当赞成注销的表决权达到三分之二以上时，该决议即生效。
如果无法通过股东会决议来注销公司，可考虑司法途径。根据《公司法》第一百八十二条规定，公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。这里的经营管理严重困难，包括公司持续两年以上无法召开股东会或者股东大会，公司经营管理发生严重困难的；股东表决时无法达到法定或者公司章程规定的比例，持续两年以上不能做出有效的股东会或者股东大会决议，公司经营管理发生严重困难的等情形。
一旦法院判决公司解散，公司就需进入清算程序。清算组会清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，通知、公告债权人，处理与清算有关的公司未了结的业务，清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款等。完成清算后，清算组制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条
公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
