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表兄妹结婚主要影响的是他们的子代及孙代等直系后代，具体影响几代难以确切界定，但近亲结婚会显著增加遗传疾病在后代中出现的风险。
从遗传学角度来看，表兄妹属于三代以内旁系血亲。人类的基因是成对存在的，正常情况下，每个人都可能携带一些隐性致病基因，但由于是隐性的，在杂合状态下通常不会表现出疾病症状。然而，表兄妹由于有共同的祖父母或外祖父母，他们携带相同隐性致病基因的概率相对较高。当他们结婚生育时，两个相同隐性致病基因相遇并纯合的可能性就会大大增加，从而使子代患隐性遗传病的几率显著提高。
对于他们的子代，患各种隐性遗传病的风险明显高于非近亲结婚所生子女。比如白化病、先天性聋哑、苯丙酮尿症等。这些疾病可能会严重影响孩子的身体健康和生活质量，甚至危及生命。
而到了孙代，虽然遗传风险会随着代数增加而有所降低，但依然存在一定风险。因为子代如果携带了致病基因，有可能会传递给孙代。而且，即使没有明显的隐性遗传病，近亲结婚后代的身体素质、智力等方面也可能存在一定程度的劣势。
我国《民法典》明确禁止直系血亲或者三代以内的旁系血亲结婚，这一规定是有科学依据的，主要目的就是为了降低遗传疾病的发生风险，提高人口素质，保障后代的健康。所以，为了家庭的幸福和后代的健康，应避免表兄妹等近亲之间的婚姻。至于具体会影响几代人，这受到多种因素的影响，包括家族中致病基因的种类和频率等，难以给出一个确切的代数。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零四十六条
结婚应当男女双方完全自愿，禁止任何一方对另一方加以强迫，禁止任何组织或者个人加以干涉。
第一千零四十七条
结婚年龄，男不得早于二十二周岁，女不得早于二十周岁。
第一千零四十八条
直系血亲或者三代以内的旁系血亲禁止结婚。
第一千零四十九条
要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。
