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农村房产证和不动产权证主要存在证书内容、性质、办理部门、法律效力等方面的区别。
证书内容不同。农村房产证主要记载房屋的基本信息，如房屋所有人、坐落位置、建筑面积、层数等，重点聚焦于房屋本身。而不动产权证除了包含房屋的相关信息外，还会详细记载土地的相关信息，像土地的权属性质、土地用途、土地使用年限等，它对不动产的信息记录更为全面和详细。
性质不同。农村房产证是对房屋所有权的一种证明，它只体现了房屋这一单一不动产的产权归属。不动产权证是对不动产统一登记后颁发的证书，它整合了房产证和土地证的功能，涵盖了土地、房屋等多种不动产类型，是对不动产权利的统一确认。
办理部门不同。农村房产证的办理通常是由当地的房产管理部门负责。而不动产权证的办理是在不动产登记机构进行，该机构整合了原来分散在多个部门的不动产登记职责，实现了不动产登记的统一管理。
法律效力不同。从法律效力层面来看，两者都具有法律效力，但不动产权证是不动产统一登记制度下的产物，它的法律效力更为广泛和权威。随着不动产统一登记制度的推进，不动产权证逐渐成为确认和保护不动产权利的主要凭证。
颁发时间不同。农村房产证是过去传统的产权证书，在不动产统一登记制度实施之前广泛使用。不动产权证是在不动产统一登记制度推行后开始颁发的，旨在实现不动产登记的规范化和统一化。
总之，不动产权证是对农村房产证等传统产权证书的升级和整合，能更全面、准确地反映不动产的权利状况。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第四条
国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。
《中华人民共和国土地管理法》 第十二条
土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
