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分居三年后单方离婚可以通过诉讼的方式处理较好，向有管辖权的法院提起离婚诉讼，由法院来判定是否准予离婚。
在分居三年后若想单方离婚，诉讼离婚是可行的途径。根据我国法律规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
要确定管辖法院。一般情况下，是向被告住所地人民法院提起离婚诉讼；如果被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。如果被告不在中华人民共和国领域内居住、下落不明或者宣告失踪、被采取强制性教育措施、被监禁等特殊情况，也可以向原告住所地人民法院起诉。
准备相关的材料。主要包括起诉状、结婚证、身份证、能够证明分居三年的证据等。起诉状应当记明原告和被告的基本信息、诉讼请求和所根据的事实与理由等事项。而证明分居的证据可以有很多种，比如分居协议、租房合同、居委会证明、证人证言等。分居三年在一定程度上可以作为夫妻感情破裂的一个参考因素，但法院判定离婚的法定标准是夫妻感情是否确已破裂。
然后，向法院提交材料并立案。法院在收到材料后会进行审查，符合立案条件的，会予以立案。立案后，法院会安排开庭审理。在庭审过程中，双方都有权利进行陈述、举证、质证等。如果原告能够提供充分的证据证明夫妻感情确已破裂，且调解无效的，法院一般会判决准予离婚。
最后，如果一方对一审判决不服的，还可以在规定的时间内向上一级人民法院提起上诉。总之，通过诉讼离婚的方式，按照法律规定的程序进行处理，能够较为妥善地解决分居三年后单方离婚的问题。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
