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非法行医案件通常由公安机关的治安管理部门管辖，在一些情况下刑侦部门也可能参与办理。
非法行医是指未取得医生执业资格的人擅自从事医疗活动，情节严重的行为。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
治安管理部门在公安机关中承担着维护社会治安秩序等多项职责。非法行医行为扰乱了正常的医疗秩序和社会公共秩序，治安管理部门对于这类违反治安管理甚至涉嫌犯罪的行为具有管辖权。他们负责日常的治安巡逻、监督检查等工作，在工作过程中容易发现非法行医的线索。一旦发现相关情况，治安管理部门会展开调查，收集证据，以确定是否构成非法行医以及是否达到刑事立案标准。
而刑侦部门主要负责侦破刑事案件。当非法行医案件情节严重，达到刑事犯罪的程度，如造成就诊人重伤、死亡等严重后果时，刑侦部门可能会介入。刑侦部门具有更专业的刑事侦查技术和经验，能够对复杂的非法行医刑事案件进行深入调查，追踪犯罪嫌疑人，查明案件的全貌。
此外，在实际工作中，公安机关内部各部门之间会相互协作配合。治安管理部门在前期发现线索和初步调查后，如果认为案件性质严重需要进一步侦查，会与刑侦部门沟通协调，共同开展工作，以确保对非法行医行为进行有效的打击和处理，维护人民群众的生命健康和社会的正常秩序。
法律依据：
《刑法》 第三百三十六条
未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
