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工程欠款和工程垫资在性质、法律后果、资金收回保障等方面存在区别。工程欠款是发包方未按约定支付工程款，垫资是承包方预先投入资金用于工程建设。
性质方面，工程欠款本质上是一种债务关系，是发包方违反合同约定，未按照合同规定的时间、金额等向承包方支付工程款，属于违约行为。而工程垫资是承包方在工程建设过程中，自行筹集资金先行用于工程建设，是一种带有一定商业风险的资金投入行为，通常是基于双方的约定产生。
法律后果不同，对于工程欠款，根据相关法律规定，发包方应当承担违约责任。承包方有权要求发包方支付拖欠的工程款，并按照合同约定或法律规定支付逾期利息等。若发包方拒不支付，承包方可以通过诉讼等法律途径维护自身权益，甚至可以依法对建设工程行使优先受偿权。对于工程垫资，当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，人民法院应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
资金收回保障方面，工程欠款由于是发包方违约未支付款项，承包方收回欠款可能面临一定困难，需要通过多种方式追讨，且发包方可能存在资金紧张等问题导致无法及时支付。而工程垫资在合同有明确约定的情况下，承包方可以按照约定的时间和方式收回垫资款，相对来说在资金收回的时间和方式上有一定的可预期性。不过，垫资也存在因工程出现问题等导致无法收回的风险。
形成原因有别，工程欠款可能是由于发包方资金链断裂、恶意拖欠等原因造成。而工程垫资往往是市场竞争的结果，承包方为了获得工程项目，主动或应发包方要求进行垫资。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》 第二十五条
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，人民法院应予支持，但是约定的利息计算标准高于垫资时的同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，人民法院不予支持。
