协议离婚后更改孩子抚养权可以通过协议变更和诉讼变更两种方式处理。若双方都同意变更抚养权,且变更后有利于孩子生活,可通过签订变更抚养权协议并公证;若协商不成,主张变更的一方可以向有管辖权的法院提起诉讼。
协议变更:如果父母双方都愿意变更孩子的抚养权,并且认为这种变更对孩子的成长和生活是有利的,那么他们可以自行达成一个变更抚养权的协议。这个协议需要明确双方的意愿、变更抚养权的具体内容以及双方对于孩子抚养的各项安排等。为了增强协议的法律效力和证明力,双方可以选择将该协议进行公证。公证是由公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请,依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。经过公证的变更抚养权协议,在后续可能出现的纠纷中,具有更强的证据效力。
诉讼变更:当父母双方无法就抚养权变更达成一致意见时,主张变更抚养权的一方可以向法院提起诉讼。根据法律规定,有下列情形之一的,一方要求变更子女抚养关系,法院会予以支持。与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女的,比如一方患上重大疾病,无法正常照顾孩子的生活和学习;与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为,或其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响的,像一方经常打骂孩子、不提供必要的生活费用等;十周岁以上未成年子女,愿随另一方生活,该方又有抚养能力的。在诉讼过程中,主张变更的一方需要向法院提供充分的证据来证明自己的主张,比如医院的诊断证明、孩子的意愿表达、对方不良行为的相关证据等。法院会根据双方的具体情况,从有利于子女身心健康,保障子女的合法权益出发,结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况进行判决。

法律依据:
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释(一)》 第五十六条
具有下列情形之一,父母一方要求变更子女抚养关系的,人民法院应予支持:
(一)与子女共同生活的一方因患严重疾病或者因伤残无力继续抚养子女;
(二)与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为,或者其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响;
(三)已满八周岁的子女,愿随另一方生活,该方又有抚养能力;
(四)有其他正当理由需要变更。