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夫妻分居起诉离婚，法院会根据具体情况进行判决。若能认定因感情不和分居满二年，且调解无效，法院一般会判决准予离婚；若不能认定感情破裂，通常判决不准离婚。
在司法实践中，夫妻分居起诉离婚时，法院判决的核心依据是夫妻感情是否确已破裂。《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条规定，夫妻因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。
对于“分居”有着严格的认定标准。这里的分居需是因感情不和而分居，而非因工作、学习等其他客观原因导致的分居。比如一方到外地工作，夫妻双方分开居住，但并非因为感情问题，这种情况就不符合法律规定的因感情不和分居。而且分居必须是连续的，且已满两年。同时，当事人需要提供充分的证据来证明分居的事实和原因，常见的证据包括分居协议、租房合同、居委会证明、证人证言等。
法院在审理此类案件时，会先进行调解。调解是离婚诉讼的必经程序，其目的是尝试修复夫妻关系，看是否有和好的可能。如果在调解过程中，夫妻双方能够达成和解，愿意继续维持婚姻关系，那么法院不会判决离婚。
若调解无效，且法院经过审理，认定夫妻确实是因感情不和分居满二年，那么一般会判决准予离婚。但如果虽然有分居的情况，但不能证明是因感情不和，或者分居时间未满二年，又没有其他充分证据证明夫妻感情确已破裂，法院通常会判决不准离婚。不过，判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
总之，夫妻分居起诉离婚的判决结果，取决于是否能证明因感情不和分居满二年以及夫妻感情是否确已破裂等多方面因素。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
