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单位合并后，合同工的劳动合同通常继续有效，由承继其权利和义务的用人单位继续履行。若双方协商一致，也可变更劳动合同的相关内容。在特定情况下，合同工可能获得经济补偿。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条规定，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，当单位合并时，合同工与原单位签订的劳动合同不会因合并而失效，合并后的单位将承接原合同的权利和义务，合同工依然按照原合同的约定在新单位工作，工作岗位、工资待遇等主要条款原则上保持不变。
不过，在实际操作中，由于单位合并可能会带来组织架构、业务范围等方面的调整，用人单位与合同工经协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式，变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。例如，合并后的单位因业务整合，需要调整合同工的工作岗位，在与合同工充分沟通并达成一致后，双方可以签订书面的变更协议。
如果单位合并后，出现了致使劳动合同无法履行，经用人单位与合同工协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的情况，用人单位提前三十日以书面形式通知合同工本人或者额外支付合同工一个月工资后，可以解除劳动合同。在此种情况下，用人单位应当向合同工支付经济补偿。经济补偿按合同工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向合同工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向合同工支付半个月工资的经济补偿。
此外，如果单位合并过程中存在违反法律法规，损害合同工合法权益的行为，合同工可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十四条
用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十五条
用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
