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非婚生子证明亲子关系可通过亲子鉴定、出生医学证明、间接证据（如抚养记录、书面承认材料等）等方式，法院会结合证据链综合认定，其中亲子鉴定是最直接的权威依据，另一方无正当理由拒绝鉴定时，法院可推定亲子关系成立。
非婚生子在法律上与婚生子女享有同等权利，证明亲子关系是主张抚养费、继承权等权益的前提。司法实践中，法院认定亲子关系主要依赖以下几类证据，需根据具体情况选择或组合使用。
亲子鉴定是司法认定亲子关系的核心证据。根据《中华人民共和国民法典》第1073条规定，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。在此类诉讼中，亲子鉴定报告是最直接、最具说服力的证据。需注意，亲子鉴定必须由具备司法鉴定资质的机构出具，个人私下委托的鉴定结果可能因程序问题不被法院采纳。若一方申请亲子鉴定，另一方无正当理由拒绝配合，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第39条，法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。这一“推定规则”是司法实践中突破鉴定阻力的重要途径，避免因一方恶意拒绝导致亲子关系无法认定。
出生医学证明可作为初步证据或直接证据。出生医学证明是医疗机构出具的法定文书，若其中“父亲”一栏有明确登记，且父亲未提出相反证据推翻，可直接作为亲子关系的证明。但非婚生子的出生证明常存在仅登记母亲信息的情况，此时该证明仅能证实母子（女）关系，无法直接证明父子（女）关系，需结合其他证据使用。若父亲信息登记存在错误或争议，需通过亲子鉴定或其他证据修正。
间接证据可形成证据链辅助认定。在无法直接获取亲子鉴定或出生证明支持的情况下，间接证据的组合能帮助法院形成内心确信。常见间接证据包括：一是抚养事实证据，如父亲长期支付子女生活费、教育费、医疗费的银行转账记录、缴费凭证，子女入学信息中父亲作为监护人的登记材料等；二是身份认可证据，如父亲在微信、短信等通讯记录中承认亲子关系的内容，签署的包含子女身份信息的承诺书、协议书，或带子女参与家庭活动的照片、视频、亲友证言等；三是生物学关联证据，如血型鉴定（需注意仅能排除亲子关系，不能直接确认）、基因检测报告（需具备资质机构出具）等。这些证据单独可能证明力较弱，但多项证据相互印证，可形成完整证据链，使法院认定亲子关系存在高度可能性。
司法实践中，法院会结合案件具体情况，综合审查证据的真实性、关联性和合法性。主张确认亲子关系的一方需承担初步举证责任，提供上述至少一类证据作为“引子”，若另一方否认，需提供相反证据反驳，否则法院可根据现有证据作出推定。需特别注意，涉及未成年人利益时，法院会优先考虑子女健康成长，对亲子关系的认定更为审慎，避免因证据不足或程序瑕疵影响子女权益。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十六条
证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十七条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
