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工伤认定时单位不配合，劳动者可自行申请工伤认定，准备好相关材料按法定程序进行，同时收集能证明劳动关系和工伤事实的证据，必要时可通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自身权益。
在工伤认定过程中，单位不配合是较为常见的问题。根据我国法律规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果单位未在规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。
当单位不配合申请工伤认定时，劳动者可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时需准备一系列材料，包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）、人事关系的其他证明材料、医疗机构诊断证明书、诊断病历等医疗诊断证明或者职业病诊断证明书、职业病诊断鉴定书。
其中，证明劳动关系是关键。若单位不配合，劳动者要注意收集相关证据，如工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；用人单位向劳动者发放的“工作证”“服务证”等能够证明身份的证件；劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录；考勤记录；其他劳动者的证言等。
如果在申请工伤认定过程中，与单位就劳动关系存在争议，可先通过劳动仲裁确定劳动关系。若对仲裁结果不服，还可向人民法院提起诉讼。在整个过程中，劳动者要积极主动，利用法律武器维护自己的合法权益，确保能获得应有的工伤赔偿和待遇。
法律依据：
《工伤保险条例》 第十七条
职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
