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设计合同备案通常由建设单位办理手续，但在不同地区和不同项目情况下，也可能存在由设计单位或双方共同办理的情况。
在工程建设领域，设计合同备案的办理主体存在一定的规定和实际操作差异。一般而言，建设单位是设计合同备案手续的主要办理者。这是因为建设单位在整个工程项目中处于主导地位，对项目的整体流程和合规性负责。建设单位需要对项目的各个环节进行统筹安排，包括设计合同的签订与备案。从项目管理的角度来看，建设单位掌握着项目的整体规划和相关资源，能够更方便地收集和提交备案所需的各类文件和资料。例如，建设单位通常持有项目的立项文件、规划许可等重要资料，这些都是备案过程中可能需要提供的。
不过，在某些特定情况下，设计单位也可能承担办理备案手续的责任。比如，当建设单位将项目的部分管理工作委托给设计单位，或者双方在合同中明确约定由设计单位负责备案时，设计单位就需要按照要求完成备案手续。设计单位对设计合同的具体内容更为熟悉，在提供设计相关的资料方面具有优势。
还有可能出现建设单位和设计单位共同办理备案手续的情况。这种方式可以充分发挥双方的优势，提高备案的效率和准确性。双方可以分工合作，建设单位负责提供项目的总体资料，设计单位负责提供设计相关的专业资料，共同完成备案所需的各项工作。
不同地区对于设计合同备案的规定也有所不同。有些地区可能有明确的政策要求由特定的一方办理，而有些地区则相对灵活，允许双方根据实际情况协商确定办理主体。因此，在实际操作中，建设单位和设计单位需要了解当地的具体规定和要求，以确保设计合同备案手续能够顺利办理。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第七百九十四条
勘察、设计合同的内容一般包括提交有关基础资料和概预算等文件的期限、质量要求、费用以及其他协作条件等条款。
