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检察院不予起诉的案件通常不会有案底。
案底一般指某人过去犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。
检察院不予起诉主要有法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情况。
法定不起诉适用于一些特定情形，比如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的。在这些情况下，既然不构成犯罪或者法律规定免予追究刑事责任，自然不会留下犯罪记录，也就是没有案底。
酌定不起诉是指犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。这意味着虽然犯罪嫌疑人实施了一定危害社会的行为，但情节轻微，不需要判处刑罚或可免除刑罚。由于最终没有被法院判定有罪，所以也不会产生案底。
证据不足不起诉是指对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这表明现有证据无法证明犯罪嫌疑人构成犯罪，根据“疑罪从无”的原则，犯罪嫌疑人不被认定为有罪，同样不会留下案底。
不过，如果虽然检察院不起诉，但存在违反治安管理等违法行为，可能会有相关违法记录，但这与犯罪案底是不同的概念。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十八条
不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
