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股权转让未经变更登记，不影响股权转让合同的效力，但不能对抗善意第三人。处理时，应区分对内和对外关系。对内，转让方和受让方应按照股权转让合同履行各自义务，若一方违约，另一方可追究其违约责任；对外，涉及第三人时，若第三人不知股权已转让且基于登记的公示效力与原股东进行交易，该第三人的权益受法律保护。
需要明确股权转让合同与股权变更登记的关系。根据相关法律规定，股权转让合同自成立时生效，股权变更登记并非股权转让合同的生效要件。也就是说，只要转让方和受让方签订的股权转让合同符合法律规定的生效条件，合同就具有法律效力，双方都应当按照合同约定履行各自的义务。
在对内关系方面，如果股权转让未经变更登记，转让方和受让方之间存在合同关系。若转让方未按照合同约定协助受让方办理变更登记手续，受让方可以依据股权转让合同要求转让方履行协助义务，并承担违约责任。例如，合同中约定了办理变更登记的时间和违约责任，转让方逾期未办理，受让方就有权要求转让方支付违约金等。反之，如果受让方未按照合同约定支付股权转让款，转让方也可以追究受让方的违约责任。
在对外关系方面，股权变更登记具有公示效力。第三人基于对公司登记机关登记内容的信赖，与登记在册的股东进行交易，其合法权益受法律保护。如果股权转让未经变更登记，原股东仍然登记为公司股东，第三人不知股权已转让的情况下，与原股东进行了股权交易等行为，该第三人可以善意取得股权。此时，受让方不能以其与转让方之间的股权转让合同对抗善意第三人，只能要求转让方承担赔偿责任。
为避免股权转让未经变更登记带来的风险，转让方和受让方应及时办理股权变更登记手续。在签订股权转让合同后，应尽快准备好相关材料，到公司登记机关办理变更登记，以确保股权交易的合法性和稳定性，保障各方的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
