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税务机关核定股权转让价格时，通常会依次按照净资产核定法、类比法以及其他合理方法进行。
在股权转让中，当价格偏低且无正当理由时，税务机关会采取相应方法进行核定。净资产核定法。这种方法是指股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。如果被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。这是因为这些资产价值往往波动较大且对企业整体价值影响显著，通过专业评估能更准确反映股权的真实价值。
类比法。类比法又分为两种情况。一是参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定；二是参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。通过寻找具有可比性的股权转让案例，以其价格为参考来确定当前转让股权的合理价格。这样可以在一定程度上避免因企业自身特殊情况导致的价格偏差，使核定结果更具客观性和合理性。
其他合理方法。如果以上两种方法都不适用，税务机关可以采用其他合理方法核定股权转让收入。这种兜底性的规定赋予了税务机关一定的灵活性，以应对各种复杂的情况。例如，考虑企业未来的盈利能力、市场前景等因素，综合判断股权的价值。税务机关在核定股权转让价格时，会遵循公平、公正、合理的原则，确保国家税收的足额征收，同时保障纳税人的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
