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自然人一人公司和法人一人公司主要在投资主体、责任承担、设立限制、税收政策等方面存在区别。
投资主体：自然人一人公司的投资主体是自然人，即基于自然出生而取得民事主体资格的人。法人一人公司的投资主体是法人，法人是具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织，如企业法人、机关法人等。
责任承担：在自然人一人公司中，如果股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。这是因为自然人财产与公司财产容易产生混同。而法人一人公司，通常情况下法人股东以其出资额为限对公司债务承担有限责任，公司以其全部财产对公司的债务承担责任。法人的财产相对独立且有更规范的财务制度，混同的可能性相对较小。
设立限制：一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司，该一人有限责任公司不能投资设立新的一人有限责任公司。而对于法人一人公司，法律并没有对法人设立一人公司的数量作出限制，法人可以根据自身的经营战略和需求设立多个一人公司。
税收政策：自然人一人公司除了要缴纳企业所得税外，当公司进行利润分配时，股东取得的红利还需要缴纳个人所得税。法人一人公司缴纳企业所得税后，如果法人股东符合相关条件，其从一人公司取得的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。
财务审计要求：自然人一人公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并经会计师事务所审计。法人一人公司虽然也需要进行财务审计，但在实际操作中，由于法人股东通常有更完善的内部审计和监督机制，在监管的严格程度上可能相对自然人一人公司会有所不同。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第五十七条
一人有限责任公司的设立和组织机构，适用本节规定；本节没有规定的，适用本章第一节、第二节的规定。
本法所称一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司。
《中华人民共和国公司法》 第五十八条
一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司。该一人有限责任公司不能投资设立新的一人有限责任公司。
