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申请伤残鉴定的部门因情况而异。一般来说，工伤伤残鉴定需向劳动能力鉴定委员会提出申请；交通事故等民事侵权导致的伤残鉴定，可委托具有资质的司法鉴定机构进行；刑事诉讼中的伤残鉴定通常由司法机关委托相关鉴定机构开展。
工伤伤残鉴定。根据《工伤保险条例》规定，职工发生工伤，经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，或者停工留薪期满（含劳动能力鉴定委员会确认的延长期限），工伤职工或者其用人单位应当及时向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。申请时需提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。劳动能力鉴定委员会会组织专家，依据国家制定的工伤与职业病致残程度鉴定标准，对工伤职工的劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度等进行等级鉴定。
交通事故等民事侵权引发的伤残鉴定。当事人可以自行委托或在向法院起诉后由法院委托具有资质的司法鉴定机构进行。这些司法鉴定机构需经司法行政机关审核登记，取得《司法鉴定许可证》，在登记的司法鉴定业务范围内开展司法鉴定活动。在选择鉴定机构时，要注意其是否具备相应的鉴定资质和良好的信誉。当事人自行委托鉴定时，要与鉴定机构签订委托鉴定协议书，明确鉴定事项、鉴定要求等内容。
刑事诉讼中的伤残鉴定。在刑事案件中，涉及人身伤害需要进行伤残鉴定的，一般由司法机关（如公安机关、人民检察院、人民法院）委托具有资质的鉴定机构进行。司法机关会根据案件的具体情况和鉴定的需要，按照法定程序选择合适的鉴定机构。鉴定机构作出的鉴定意见将作为刑事诉讼中的重要证据之一，对于案件的定性、量刑等具有重要影响。
法律依据：
《工伤保险条例》 第二十三条
劳动能力鉴定由用人单位、工伤职工或者其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。
《工伤保险条例》 第二十五条
设区的市级劳动能力鉴定委员会收到劳动能力鉴定申请后，应当从其建立的医疗卫生专家库中随机抽取3名或者5名相关专家组成专家组，由专家组提出鉴定意见。设区的市级劳动能力鉴定委员会根据专家组的鉴定意见作出工伤职工劳动能力鉴定结论；必要时，可以委托具备资格的医疗机构协助进行有关的诊断。
