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公司合并办理税务流程主要包括税务登记变更、税务注销（被合并方）、发票处理、税务申报与清算等步骤，需按规定准备相关资料并在规定时间内完成各环节操作。
税务登记变更。公司合并分为吸收合并和新设合并等形式。在合并完成后，存续公司（吸收合并中的吸收方）或新设公司（新设合并中成立的新公司）需要到主管税务机关办理税务登记变更手续。根据《税务登记管理办法》，纳税人税务登记内容发生变化的，应当自工商行政管理机关或者其他机关办理变更登记之日起30日内，持有关证件向原税务登记机关申报办理变更税务登记。办理时，需携带工商营业执照副本及复印件、组织机构代码证副本及复印件、法定代表人身份证及复印件等资料。
对于被合并方，如果在合并中主体资格消灭，则需要办理税务注销。被合并方应在向工商行政管理机关或者其他机关办理注销登记前，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记。在办理注销税务登记前，应当向税务机关结清应纳税款、滞纳金、罚款，缴销发票、税务登记证件和其他税务证件。
发票处理方面，合并后的公司要对发票进行相应调整。如果合并后公司的名称、税号等信息发生变化，需要重新向税务机关申请领购发票，并将原有的未使用发票进行缴销。
税务申报与清算也是重要环节。合并前，各方应完成当期的税务申报。合并过程中，要对资产、负债等进行税务处理，按照相关税收法规计算缴纳企业所得税等税种。例如，符合特殊性税务处理条件的企业合并，可以按照规定进行特殊性税务处理，暂不确认有关资产的转让所得或损失。合并后，新公司要按照规定的纳税期限和申报方式进行税务申报。
在整个税务办理过程中，企业要及时与税务机关沟通，确保各项手续的顺利办理，避免因税务问题影响公司的正常运营。同时，要严格遵守税收法律法规，如实提供相关资料和信息，以保障税务处理的合法性和准确性。
法律依据：
《税务登记管理办法》 第十六条
纳税人税务登记内容发生变化的，应当向原税务登记机关申报办理变更税务登记。
第十七条
纳税人已在工商行政管理机关办理变更登记的，应当自工商行政管理机关变更登记之日起30日内，向原税务登记机关如实提供下列证件、资料，申报办理变更税务登记：
（一）工商登记变更表；
（二）纳税人变更登记内容的有关证明文件；
（三）税务机关发放的原税务登记证件（登记证正、副本和登记表等）；
（四）其他有关资料。
