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一般情况下，公司章程和协议不一致时，对外以公司章程为准，对内则需看协议是否合法有效，若有效则可能优先适用协议。
公司章程是公司必备的规定公司组织及活动基本规则的书面文件，具有公开性和对世性，是公司的“宪法”，经过登记机关登记备案，具有公示效力。而协议通常是公司内部相关主体之间达成的约定，具有相对性。
对外效力方面：当涉及公司与外部第三人的关系时，应以公司章程为准。因为第三人通常是基于公司章程所公示的内容来了解公司的组织架构、股东权利义务等重要信息，从而与公司进行交易等活动。例如，在公司与供应商签订合同的过程中，供应商查看的是公司章程中关于公司代表权的规定，以此来判断与自己签约的公司代表是否有相应的权限。如果此时公司内部协议关于代表权的规定与公司章程不一致，不能以此对抗善意第三人，仍应以公司章程为准来确定交易的效力。
对内效力方面：若协议是公司股东之间、股东与公司之间等内部主体在平等自愿基础上签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，不损害公司、其他股东及债权人的利益，那么该协议是合法有效的。在公司内部主体之间发生纠纷时，可能会优先适用该协议。比如，股东之间签订的关于股权分红的特殊协议，虽然与公司章程规定的分红方式不同，但只要该协议是各方真实意思表示且合法，在股东之间就应按照协议执行。
不过，如果协议存在违法违规等无效情形，即使是在公司内部，也不能适用协议，而应以公司章程为准。所以，在处理公司章程和协议不一致的问题时，要综合考虑具体情况和相关法律规定。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
《中华人民共和国公司法》 第二十五条
有限责任公司章程应当载明下列事项：
（一）公司名称和住所；
（二）公司经营范围；
（三）公司注册资本；
（四）股东的姓名或者名称；
（五）股东的出资方式、出资额和出资时间；
（六）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；
（七）公司法定代表人；
（八）股东会会议认为需要规定的其他事项。
股东应当在公司章程上签名、盖章。
