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在工伤认定中单位不认可的情况下，起诉次数没有明确的绝对上限，但在正常法律程序里，一般经过一审、二审两级法院审理后，基于我国两审终审制原则，案件的诉讼程序基本终结。不过，如果有符合法定情形的，还可申请再审。
需要了解工伤认定纠纷的通常法律程序。当单位不认可工伤认定结果时，一般会先申请行政复议，对行政复议结果不服的，可以依法提起行政诉讼。行政诉讼通常分为一审和二审。
一审程序：单位作为原告，对工伤认定的行政行为不服，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。法院会根据双方提供的证据和相关法律规定，对工伤认定的合法性进行审查，并作出一审判决。这是整个诉讼程序的起始阶段，也是查明事实、适用法律的关键环节。
二审程序：如果单位对一审判决不服，可以在规定的上诉期限内向上一级人民法院提起上诉。二审法院会对一审判决认定的事实和适用的法律进行全面审查，然后作出二审判决。我国实行两审终审制，二审判决是终审判决，一经作出即发生法律效力，意味着正常情况下案件的诉讼程序到此结束。
再审程序：虽然两审终审是原则，但如果单位有新的证据足以推翻原判决、裁定，或者原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的等符合法定再审情形的，还可以向人民法院申请再审。再审程序是一种特殊的救济程序，并非所有案件都会进入该程序，且再审申请需要严格符合法律规定的条件。
综上所述，虽然法律没有明确限制起诉次数，但在实际中经过一审、二审以及可能的再审程序后，工伤认定纠纷基本能得到妥善解决。
法律依据：
《工伤保险条例》 第五十五条
有下列情形之一的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼：
（一）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定申请不予受理的决定不服的；
（二）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的；
（三）用人单位对经办机构确定的单位缴费费率不服的；
（四）签订服务协议的医疗机构、辅助器具配置机构认为经办机构未履行有关协议或者规定的；
（五）工伤职工或者其近亲属对经办机构核定的工伤保险待遇有异议的。
