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环境损害赔偿的诉讼时效是三年，从当事人知道或者应当知道其受到损害时起计算。在一些特殊情况下还适用最长诉讼时效规定，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
诉讼时效规定的法律依据。《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。同时，《中华人民共和国环境保护法》第六十六条也明确规定，提起环境损害赔偿诉讼的时效期间为三年，从当事人知道或者应当知道其受到损害时起计算。这就从法律层面明确了环境损害赔偿诉讼时效的基本时长和起算点。
“知道或者应当知道”的判定。“知道”是指当事人已经明确知晓自己受到了环境损害以及损害与相关环境侵权行为之间的关联。“应当知道”则是一种法律上的推定，即根据一般人的认知能力和客观情况，当事人在当时的情形下应当能够发现自己受到了损害以及侵权行为的存在。例如，在某工厂长期排放污水导致周边居民饮用水源受到污染的案件中，如果居民发现自家饮用水出现异味、变色等明显异常情况，即使没有专业检测报告，也可认定为“应当知道”受到了损害。
最长诉讼时效的意义。《民法典》规定的二十年最长诉讼时效，为环境损害赔偿案件提供了更长期限的保障。因为环境损害具有潜伏性、累积性等特点，有些损害可能在很长时间后才会显现出来。但如果超过二十年才发现损害并提起诉讼，一般情况下法院将不予保护，除非有特殊情况，经权利人申请，法院可以根据具体情况决定是否延长。这一规定既考虑了环境损害的特殊性，又维护了法律关系的稳定性。
法律依据：
《民法典》 第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
