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房屋他项权证和不动产登记证明存在多方面区别，主要体现于颁发机构、涵盖范围、颁发时间、证件内容和法律依据。
颁发机构方面，房屋他项权证由房地产管理部门颁发。在过去，房地产管理部门负责对房屋产权及相关他项权利进行登记和管理，所以房屋他项权证由其颁发。而不动产登记证明是由不动产登记机构颁发。随着不动产统一登记制度的实施，将原来分散在多个部门的不动产登记职责整合到一个机构，即不动产登记机构，负责各类不动产的登记工作并颁发相应证明。
涵盖范围上，房屋他项权证主要针对房屋设定的抵押权等他项权利进行登记证明，仅涉及房屋这一单一不动产类型。不动产登记证明涵盖范围更广，不仅包括房屋，还涉及土地、海域以及林木等其他不动产的权利登记，如土地抵押权、地役权等都可以通过不动产登记证明来体现。
颁发时间不同，房屋他项权证是在不动产统一登记制度实施之前，房地产管理部门根据当时的规定和程序，对房屋他项权利进行登记后颁发的。不动产登记证明是在不动产统一登记制度实施之后，按照新的登记规范和流程，由不动产登记机构颁发，是适应新的不动产登记体系的产物。
证件内容有差异，房屋他项权证的内容相对简单，主要记载房屋的基本信息、他项权利的种类（如抵押权）以及权利范围等。不动产登记证明内容更加详细和规范，除了记载不动产的基本情况和权利类型外，还会记录不动产的坐落、面积、用途等详细信息，以及登记的具体时间、登记原因等内容。
法律依据也不同，房屋他项权证依据的是原有的房地产管理相关法律法规。不动产登记证明依据的是《不动产登记暂行条例》等一系列新的不动产登记法律法规，这些法律法规为不动产登记提供了统一的规范和准则。
法律依据：
《城市房地产抵押管理办法》 第三十条
房地产抵押合同自签订之日起30日内，抵押当事人应当到房地产所在地的房地产管理部门办理房地产抵押登记。
《城市房地产抵押管理办法》 第三十三条
登记机关应当对申请人的申请进行审核。凡权属清楚、证明材料齐全的，应当在受理登记之日起7日内决定是否予以登记，对不予登记的，应当书面通知申请人。
《城市房地产抵押管理办法》 第三十四条
以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。
